SCCM 2007 setzt (noch) 32bit Agenten ein. Daher wird auch ein Programm zuerst einmal im 32bit Kontext ausgeführt und bekommt daher über die Redirects primär Zugriff auf das syswow64 Verzeichnis. Startet man ein regedit, so wird die 32bit Variante gestartet. Es gibt Situationen, in denen man auf jeden Fall die OS native Variante starten möchte, d.h. auf einem x64 die 64bittige und analog auf einem x86 die 32bit. Dazu kann man in einer Batchdatei überprüfen ob bestimmte Kriterien erfüllt sind, oder man verwendet direkt einen (auch mir vor kurzem 
) eher unbekannten Alias: sysnative.
So kann man einen Aufruf von %windir%\system32\regedit.exe ersetzen durch %windir%\sysnative\regedit.exe. Im WOW64 Kontext wird dieser Alias erkannt und durch den Verweis auf die 64bit Variante ersetzt.
Details dazu sind auch in der MSDN von Microsoft zu finden: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa384187%28v=vs.85%29.aspx
